Департамент агропромислового розвитку, екології та природних ресурсів тісно співпрацює з науковими та громадськими організаціями в частині агропромислового комплексу та екологічної безпеки.
Зокрема, налагоджена конструктивна співпраця з Українським науково-дослідним інститутом продуктивності агропромислового комплексу (НДІ «Украгропромпродуктивність»).